为完成工业化出产，就有必要处理完成这些工艺（发酵工艺）的工业出产环境、设备和进程操控的工程学的问题，因而，就有了

　　发酵工程是用来处理按发酵工艺进行工业化出产的工程学问题的学科。发酵工程从工程学的视点把完成发酵工艺的发酵工业进程分为菌种、发酵和提炼（包含废水处理）等三个阶段，这三个阶段都有各自的工程学问题，一般分别把它们称为发酵工程的上游、中游和下流工程。发酵工程的三个阶段均分别有它们各自的工艺原理和设备及进程操控原理，它们一同构成发酵工程原理。

　　千百年，特别是最近几十年的发酵工业出产的实践证明:微生物是发酵工程的魂灵。近年来，关于发酵工程的生物学特点的知道愈益明朗化，发酵工程正在走近科学。从生物学的视点从头审视发酵工程，发现发酵工程最基本的原理是其生物学原理，而前述的发酵工程原理均有必要建立在发酵工程的生物学原理的基础上。因而，发酵工程的生物学原理是发酵工程最基本的原理，而且能够把它简称为“发酵原理”。

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